Sekretaris mempunyai tugas memberikan pelayanan administratif dan teknis kepada semua unsur dilingkungan Badan Penelitian dan Pengembangan Daerah.

Sekretaris mempunyai fungsi :

1. perumusan perencanaan program dan anggaran pelaksanaan pemantauan dan evaluasi kinerja, serta pelaksanaan kerja sama penelitin dan pengembangan;
2. verifikasi keuangan, pelaksanaan perbendaharaan dan urusan akuntansi dan pelaporan keuangan;
3. pengelolaan ketatausahaan, pelaksanaan kerumahtanggaan, keamanan dalam, perlengkapan dan pengelolaan aset serta urusan perpustakaan dan dokumentasi;
4. pengelolaan administrasi kepegawaian dan pembinaan jabatan fungsional, serta evaluasi kinerja Aparatur Sipil Negara;
5. pelaksanaan tugas kedinasan lainnya yang diberikan oleh atasan.